GPU 加速的 Lattice Microbes

阅读此《GPU-Ready Apps Guide》(GPU Ready 应用程序指南),立即开始使用。

Lattice Microbes

Lattice Microbes 是一种软件包,可以利用精确和近似两种方法,从高性能计算 (HPC) 基础架构上的化学主方程和反应扩散主方程 (CME/RDME) 上对轨迹进行有效采样。

pyLM 是一种使用 Python 编写的问题解决环境,利用了 Lattice Microbes 的高性能,同时为常见的随机模拟提供了易用性,并为复杂的生物应用程序提供了高可定制性。

有关更多信息,请访问 Lattice Microbes 网站

安装

您可以选择在裸机上下载并安装 Lattice Microbes,也可以从 NVIDIA GPU Cloud 中提取并运行容器。

在高性能计算环境中安装应用程序可能会比较困难。而通过容器,您无需在系统上安装该应用程序即可运行,如此便可在轻松部署最新版应用程序的同时优化性能。

通过容器运行 Lattice Microbes 非常简单,几分钟内即可完成设置。

运行作业

从 NGC 中提取 Lattice Microbes 容器之后,您可以使用三个选项以开始运行。

  1. 使用预先存在的模型,在容器内部交互运行 Lattice Microbes。
  2. 在容器内交互运行 pyLM 脚本。
  3. 从 NVIDIA-Docker 运行命令中运行 Lattice Microbes 模型。

1.交互运行 Lattice Microbes

要交互运行 Lattice Microbes 容器,请使用以下命令:

nvidia-docker run -ti --rm -v $(pwd):/workspace nvcr.io/hpc/lattice-microbes:2018.03 bash

此命令将启动容器外壳,并将当前的工作目录映射到 /workspace。

要启动在“system.lm”中保存的 RDME 模拟模型,请运行以下命令:

/opt/lm/bin/lm -r 1 -sp -f /workspace/system.lm

2.交互运行 pyLM 脚本

首先,启动交互式容器(如选项 1 所述)。接下来,设置 pyLM 环境:

导出 PYTHONPATH=/opt/lm/lib:/opt/lm/lib/python

然后您可以运行 python3,并导入 pyLM:

# python3
Python 3.5.2(默认,2017 年 11 月 23 日,16:37:01)
linux 上的 [GCC 5.4.0 20160609]
输入“帮助”、“版权”、“积分”或“许可证”以了解详情。
>>> 导入 pyLM

现在您可以运行 /workspace 目录中的任一 pyLM 脚本。

3.通过 Docker Run 运行 Lattice Microbes

要在当前工作目录中运行模型“system.lm”上的 Lattice Microbes,请使用以下命令:

nvidia-docker run -it --rm -v $(pwd):/workspace nvcr.io/hpc/lattice-microbes:2018.03 /opt/lm/bin/lm -r 1 -f /workspace/system.lm

此命令会将当前工作目录映射到容器中的 /workspace,并将运行 RDME 模拟。

推荐的系统配置

Lattice Microbes 容器已经过优化和可靠性测试,可在由 NVIDIA® Pascal™ 和 NVIDIA Volta 提供支持并安装 NVIDIA CUDA® 9 或更新版本的系统上运行。NVIDIA GPU Cloud 提供的所有高性能计算应用程序容器均可在以下系统上运行:

  • 工作站:由 NVIDIA Titan V 和 x86 CPU 提供支持
  • NVIDIA® DGX™ 系统
  • 由 Pascal/Volta GPU、CUDA 9 和 x86 CPU 提供支持的高性能计算集群
  • 云端(AWS、Google 云端平台以及更多

借助 NVIDIA GPU Cloud 访问 GPU 加速的应用程序容器。