阅读此《GPU-Ready Apps Guide》(GPU Ready 应用程序指南),立即开始使用。
Lattice Microbes 是一种软件包,可以利用精确和近似两种方法,从高性能计算 (HPC) 基础架构上的化学主方程和反应扩散主方程 (CME/RDME) 上对轨迹进行有效采样。
pyLM 是一种使用 Python 编写的问题解决环境,利用了 Lattice Microbes 的高性能,同时为常见的随机模拟提供了易用性,并为复杂的生物应用程序提供了高可定制性。
有关更多信息,请访问 Lattice Microbes 网站。
您可以选择在裸机上下载并安装 Lattice Microbes,也可以从 NVIDIA GPU Cloud 中提取并运行容器。
在高性能计算环境中安装应用程序可能会比较困难。而通过容器,您无需在系统上安装该应用程序即可运行,如此便可在轻松部署最新版应用程序的同时优化性能。
通过容器运行 Lattice Microbes 非常简单,几分钟内即可完成设置。
从 NGC 中提取 Lattice Microbes 容器之后,您可以使用三个选项以开始运行。
要交互运行 Lattice Microbes 容器,请使用以下命令:
nvidia-docker run -ti --rm -v $(pwd):/workspace nvcr.io/hpc/lattice-microbes:2018.03 bash
此命令将启动容器外壳,并将当前的工作目录映射到 /workspace。
要启动在“system.lm”中保存的 RDME 模拟模型,请运行以下命令:
/opt/lm/bin/lm -r 1 -sp -f /workspace/system.lm
首先,启动交互式容器(如选项 1 所述)。接下来,设置 pyLM 环境:
导出 PYTHONPATH=/opt/lm/lib:/opt/lm/lib/python
然后您可以运行 python3,并导入 pyLM:
# python3Python 3.5.2(默认,2017 年 11 月 23 日,16:37:01)linux 上的 [GCC 5.4.0 20160609]输入“帮助”、“版权”、“积分”或“许可证”以了解详情。>>> 导入 pyLM
现在您可以运行 /workspace 目录中的任一 pyLM 脚本。
要在当前工作目录中运行模型“system.lm”上的 Lattice Microbes,请使用以下命令:
nvidia-docker run -it --rm -v $(pwd):/workspace nvcr.io/hpc/lattice-microbes:2018.03 /opt/lm/bin/lm -r 1 -f /workspace/system.lm
此命令会将当前工作目录映射到容器中的 /workspace,并将运行 RDME 模拟。
Lattice Microbes 容器已经过优化和可靠性测试,可在由 NVIDIA® Pascal™ 和 NVIDIA Volta 提供支持并安装 NVIDIA CUDA® 9 或更新版本的系统上运行。NVIDIA GPU Cloud 提供的所有高性能计算应用程序容器均可在以下系统上运行: