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借助适用于基因组学研究的 NVIDIA Clara™ 软件套件,让精准基因组学分析的速度和准确性更上一层楼。
借助经过优化的工作流程,大幅缩短获得发现结果以及确定治疗方案所需的时间。
将原本需要耗时数天的分析任务缩短到几分钟,大幅提升基因组学工作流程的速度、准确性和吞吐量。
针对种系和体细胞工作流程优化全基因组和外显子组序列的比对、处理和变异检测过程。
基因组学领域采用的方法多种多样,这些方法在药物研发、精准医疗、人口健康研究和临床诊断中有着广泛的应用。该领域涉及多个方面,其中包括科研机构、医疗机构、测序诊断中心、国家/地区计划、制药以及生物技术,所有这些方面都在基因组学研发中发挥着重要作用。提高分析速度有助于加快诊断、提供个性化治疗,并简化药物研发过程,从而节省时间和资源,同时提升患者护理水平,并实现以数据为依据的实时决策。
短读段测序可生成短 DNA 序列,并因速度快且经济实惠而受到重视。NVIDIA® Parabricks® 可加快黄金标准二级分析工具的速度,使其更快地完成从比对到变异检测的整个过程,从而有助于快速分析短读段测序数据。这些工具可用于处理来自 Element、Illumina、MGI、Singular、Thermo Fisher 和 Ultima 测序仪的数据。
长读段测序有助于识别结构变异,并可用于根据多个样本来组合基因组,从而推动群体遗传多样性的研究。NVIDIA Parabricks 可加快黄金标准二级分析工具的碱基识别、比对和变异检测速度,从而有助于快速分析长读段测序数据。这些工具可用于处理来自 Oxford Nanopore 和 PacBio 长读段测序仪的数据。
NVIDIA RAPIDS™ 可加速单细胞数据处理和可视化工作流,并具有与 scverse Python 库类似的可用性模型。cunnData 为 GPU 提供了 AnnData 对象的超小型、轻量级版本,有助于快速操作和处理数据,RAPIDS cuGraph 和 cuML 库随后则会开展下游分析工作。
NVIDIA Parabricks 包括一个单细胞和空间工作流,可克服加速瓶颈并提高准确性。生成式 AI 专门用于借助 VISTA-2D 进行空间分析,VISTA-2D 是一个细胞成像基础模型,可进行高精度分割。作为基于变换器的深度学习算法,VISTA-2D 适用多种类型的细胞并支持多种数据集、模态及 GPU。
NVIDIA NIM™ 微服务将预构建容器、行业标准 API、定制模型支持、领域专属代码和优化推理引擎的强大功能相结合,为 AI 推理提供全面的分层解决方案。使用定制 NIM 微服务,为定制基因组学应用构建您自己的工作流。
运行针对 GPU 优化的 Google DeepVariant。在所有主要测序仪上切换模型,确保高准确度。
通过运行 BWA-MEM & GATK 最佳实践,在给定一对或多对 FASTQ 文件的情况下生成 BAM 输出。
NVDIA Parabricks 可提供计算生物学家和生物信息学家日常所用工具的 GPU 加速版本,可显著缩短运行时间,提高工作流可扩展性,并降低计算成本。Parabricks 可作为 NVIDIA NGC™ 上的公共容器在本地或任何云服务平台或提供商使用。
对于需要在临床工作流程、大型测序项目、高通量平台或其他需要即时协助的工作流程中获得 Parabricks 支持的客户,NVIDIA 提供 NVIDIA AI Enterprise。
采用 NVIDIA AI Enterprise 的 Parabricks 的优势对比
四大领导者推动疾病研究和预防
使用 Pacific Biosciences 提高长读长测序的准确性和速度。
借助 Translational Genomics Research Institute 将单细胞和空间分析从数小时缩短到数分钟。
使用 NVIDIA Parabricks 节省 9 年的处理时间
NVIDIA Parabricks 是用于二级基因组分析的 GPU 加速软件套件。Parabricks 与所有主流的测序仪器兼容,支持多种生物信息学工作流。
Parabricks 可提高二级基因组分析的速度,降低成本并提高准确性。
是的,Parabricks 与开源工具的结果相符,因此您可以切换开源工具并获得与 Parabricks 完全相同的结果。4.3.1 版本的最新基准测试结果如下表所示。
运行时间单位为分钟。使用 Illumina 数据,对 FQ2BAM、BWA-Meth、 DeepVariant 和 Haplotype Caller 进行 30 倍全基因组测序。使用 Illumina 数据对 Mutect2 进行 50 倍肿瘤-正常样本全基因组测序。
Parabricks 可作为 NVIDIA NGC™ 云服务上的公共容器在本地或任何平台或服务商使用。
为了满足客户需求,让他们在临床工作流、大型测序项目、高吞吐量平台或其它需要即时协助的工作流程中获得 Parabricks 的技术支持,NVIDIA 提供了 NVIDIA AI Enterprise。Parabricks 可在公共云服务商、平台及本地运行。
Parabricks 可在公共云服务商、平台及本地运行。
硬件要求
软件要求
Parabricks 支持大部分 NVIDIA 企业级 GPU,包括 A100、A6000、A40、A30、A10、L40、T4 和 V100 Tensor Core GPU。
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