端到端基因组测序分析
从 DNA 到 RNA,NVIDIA Clara™ Parabricks 能显著加快基因组数据的初级、二级和三级分析速度。为此,它使用了专为位于本地或云中的高吞吐量实验室设计的成套软件,以及能让开发者构建强大基因组学计算工具的技术栈。
NVIDIA Clara Parabricks Pipelines 基于博德研究所的基因组分析工具包 (GATK),是一款 GPU 加速的即用型软件套件,适用于群体基因组学的 DNA 种系变体识别、癌症基因组学的 DNA 体细胞变体识别以及从全转录组到单细胞分析的 RNA 测序项目。
Clara Parabricks Pipelines 在速度、准确性和可扩展性方面进行了优化,能够运行 GATK4.1 最佳实践,而且完全可配置,允许用户选择要运行的步骤、参数设置和管道版本。
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Clara Parabricks Pipelines 基于 NVIDIA A100 Tensor Core GPU 运行,可提供强大的性能,能将 DNA 种系变体识别的分析时间缩短到 20 分钟。GPU 加速还能让用户显著降低云计算成本(与仅使用 CPU 的解决方案相比,最高可降低 50%),从而从中受益。
GPU vs. CPU-Only Performance
Germline end-to-end secondary analysis performance
Clara Parabricks Pipelines 可在 10 分钟内设置完毕。观看这个逐步讲解的教学视频,开始体验 DNA 和 RNA 测序项目的高吞吐量分析。
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Clara Parabricks Pipelines 返回结果的速度比非 GPU 加速的解决方案快。了解 TGEN 如何使用当天的结果研究健康细胞和病变细胞的全基因组序列,以更好地为每个患者定制有效的疗法。
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通过在云中或本地运行,Clara Parabricks Pipelines 可以帮助研究人员更快、更好地了解病毒性传染病(如 COVID-19)– 从病毒的演变到人体的反应,再到人体的易感性。观看视频以了解详情。
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NVIDIA Clara Parabricks 工具包内含多个 GPU 加速的边缘库、参考应用程序和开源应用程序,专供开发人员构建用于基因组分析的 AI 辅助工作流程。借助该工具包,他们可以优化从头测序基因组组装的对应、对齐和打磨工作,并提高单细胞表观基因组学的分辨率。
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