通过 GPU 加速分析体验高吞吐量、高精度的 DNA 与 RNA 测序。
NVIDIA Clara™ Parabricks® 是一款 GPU 加速的计算基因组学工具包,可为测序中心、临床团队、基因组学研究人员以及新一代测序仪器开发者提供快速准确的分析,进而助力更快速、更准确的基因组学分析。
使用一流的工具加速应用。
使用加速工具进行黄金标准的种系、体细胞和 RNA 的快速分析。
获得高达 80 倍的性能提升。
与仅使用CPU的解决方案相比,速度提升高达 80 倍,计算成本降低高达 50%。
提高测序分析的准确性。
借助 Clara Parabricks 和 GPU,将深度学习的强大功能应用到基因组分析。
利用灵活的工作流。
通过使用工作流描述语言 (WDL) 和 NextFlow 配置工具来创建自定义工作流。
Clara Parabricks 可提供计算生物学家和生物信息学家每天使用的 GPU 加速版本的工具,可显著缩短运行时间、提高工作流可扩展性,并降低计算成本。
这包括与工作流语言和管理程序(WDL、NextFlow、Cromwell)完全兼容,从而轻松融合 GPU 和 CPU 驱动的任务,并支持进行轻松的云部署(AWS、GCP、Terra 和 DNAnexus)。
从 FastQ 到变体识别格式 (VCF),Clara Parabricks 利用 NVIDIA A100 Tensor Core GPU 加速一系列硬件配置的运行时间。从比对到分类,再到变体识别,基因组研究人员可以在分析工作流的每个步骤中体验加速。相较于仅使用 CPU 的系统,当系统使用更多的 GPU 时,可以观察到计算时间大幅缩减,计算速度可提升 80 倍以上。
在 30 分钟内以 30 倍的覆盖率分析全人类基因组
NVIDIA 运行时在 DGX™ A100 320GB 系统上实现。所有分析均在 HG002 Genome In A Bottle (GIAB NIST) 上以 30 倍的测序覆盖率运行,并使用 GATKv4.1.0 HaplotypeCaller 进行变体识别。
Clara Parabricks 在一个 NVIDIA DGX™ A100 上运行,利用基因组分析工具包 (GATK) 最佳实践,每年分析多达 25000 个全基因组(覆盖率达 30 倍),吞吐量超越单个 DGX A100 线性扩展。
在云端,时间就是金钱。从可在几分钟内分析基因组的 GPU 实例中选择。为了方便部署,多家云提供商将 Clara Parabricks 作为一种即用型镜像进行托管,以供即时使用。
我们与基因组学仪器制造商合作,创建由软件定义的 AI DNA 测序仪、空间转录组学设备和其他组学设备,从而提高准确性并实现边缘实时分析。
通过 Clara Parabricks 的免费实操实验,立即访问用于加速基因组分析的 NVIDIA 企业解决方案。
除优化 AI 加速的工作流程和大型语言模型以推进发现外,NVIDIA 还与布洛德研究所合作,将 GPU 加速的 Parabricks 引入 Terra 平台。
通过使用 NVIDIA DGX A100 和 Clara Parabricks,NBT 将全基因组测序数据处理时间缩短了 4 个月,其个人用户处理时间从 30 多个小时缩短到 1-2 小时。
东京大学 HGC 宣布推出新的基因组学平台,利用 NVIDIA Clara Parabricks Pipelines 基因组学软件,将基因组分析速度提升至基于 CPU 环境的 40 倍。
Regeneron 正使用安装了 Clara Parabricks 的 DeepVariant 来生成可扩展的高质量数据,这些数据可在基因组学社区中再现。
Ultima Genomics 正与 NVIDIA 合作,利用 AI 和加速计算提供价值 100 美元的基因组测序。
Singular Genomics 正在与 NVIDIA 合作,提供市场领先的新一代测序与分析速度。
Oxford Nanopore 正在升级 PromethION 计算塔,从 NVIDIA V100 到 A100 技术。这种处理能力的提升使 Oxford Nanopore 能够跟上高精度碱基识别速度,并大大扩展超高精度算法的产能。
一组研究人员创造了新的 DNA 测序记录(5 小时 2 分钟),这将使临床医生能够从危重症患者身上抽血,并在当天做出遗传疾病的诊断。
通过将 DeepVariant 的 GPU 加速执行与 NVIDIA Clara Parabricks 相集成,斯坦福大学大大缩短了运行时间。
普渡大学的研究人员完成了一项研究,该研究评估了用于病原体基因组变体识别的 GPU 加速计算框架的性能和准确性。
立即免费使用 NVIDIA Clara Parabricks。
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