分子动力学应用特别适合NVIDIA®（英伟达™）的大规模并行架构。在下面的图表中，我们着重说明了在VMD方面所做的工作，以及NAMD和HOOMD等分子动力学软件包。
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| 视觉分子动力学中的离子排列 Stone, Phillips, Hardy, Schulten |
在一颗NVIDIA GPU上处理HOOMD 运行LAMMP时战胜了16个CPU核心 Anderson, Lorenz, Travesset |
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