- 分子动力学
分子动力学应用特别适合NVIDIA®（英伟达™）的大规模并行架构。在下面的图表中，我们着重说明了在VMD方面所做的工作，以及NAMD和HOOMD等分子动力学软件包。
凭借NVIDIA®（英伟达™）Tesla™ Bio Workbench，生物物理学家和计算科学家们实现了生物化学研究的突破性发展，科学工作流得以优化，研究进程得以大幅推进。了解详情。
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| AMBER中的广义伯恩模拟计算 圣迭戈超级计算中心 |
GPU集群中的NAMD升级 伊利诺伊大学厄本那香槟分校，理论与计算生物物理学研究组 |
采用英伟达™ CUDA（NVIDIA® CUDA）技术的分子动力学独立软件供应商以及应用程序
| 独立软件供应商（ISV） | 描述 | GPU优势 |
| AMBER 11 | 在CUDA上对力学力场以及隐式与显式溶剂进行模拟 | 10倍速度提升: 从CPU的数分钟到GPU的短短几秒 |
| NAMD | 专为大型分子系统的高性能模拟而设计 | 四颗GPU即可胜过一个由16颗四核CPU组成的集群 |
| GROMACS | 利用复杂的原子键互动来对生物化学分子进行模拟 | 3-5倍速度提升: 可加速PME以及隐式溶剂广义波恩（Generalized Born）法 |
| VMD | 以3D图形效果对大型生物分子系统进行可视化与分析 | 20-100倍速度提升: 让分子系统的互动、3D显示成为可能 |
| Schrodinger Core Hopping | 对新型核心进行快速筛选以便改善药品属性 | 更快、更精确、更具创新精神的药物开发 |
| NWCHEM | 专为HPC集群设计的计算化学软件包 | 预计发行日期: 2010年第3季度 |
下载CUDA分子动力学软件
- 了解VMD中的GPU加速
- NAMD 2.7 Beta 2 包含CUDA加速
- HOOMD: 高度优化的面向对象分子动力学
- LAMMPS GPU端口
- MDGPU
- GPUGrid.net
- 用于在GPU（图形处理器）上加速分子动力学的OpenMM库
- 利用OpenMM的GROMACS
- ACEMD生物分子动力学工具包
- AMBER (即将问世) – see paper using OpenMM
- BigDFT : DFT (Density functional theory密度泛函理论)电子结构编码 - PDF文档
- TeraChem：首款针对CUDA GPU而作的量子化学代码
- 加速VASP：利用图形处理器 (GPU) 加速平面波电子结构运算
- 2008年超级计算大会上为NAMD 和 VMD 推出的CUDA指南。
- NAMD以及VMD出版物
- 基于GPU 硬件的流畅Particle-Mesh Ewald (PME) 方法执行
- 在GPU（图形处理器）上加速AMBER分子动力学模拟
- HOOMD
- 荧光显微术
- 为分子动力学模拟收获图形动力
- Folding @ home (运行 GROMACS)
- 分子动力学