VMD 是一个分子可视化程序,专为生物分子系统(如蛋白质、核酸、脂质膜和碳水化合物结构)的建模、可视化和分析而设计。VMD 可以为分子结构的可视化和着色提供各种图示,包括分子曲面、空间填充 Corey-Pauling-Koltun (CPK) 球体和圆柱体、甘草键、脊柱管和色带以及二级结构卡通漫画等。
VMD 可用于生动呈现及分析分子动力学 (MD) 的模拟轨迹。特别是可以通过在本地或远程计算机上显示并生动呈现所模拟的分子,由此充当外部 MD 程序的图形前端。
尽管该程序通常在桌面图形环境中以交互方式使用,但也可在工作站(或单一集群节点),并通过使用消息传递接口 (MPI) 在分布式内存集群和超级计算机上并行执行非交互式(批处理模式)分析计算和可视化任务。访问 VMD 网站 获取更多信息。