CUDASW++ on Tesla GPUs
CUDASW++是一种用于Smith-Waterman蛋白质数据库检索的生物信息学软件，它利用NVIDIA®（英伟达™）Tesla GPU大规模并行CUDA架构进行序列检索，速度可达NCBI BLAST的10至50倍。CUDASW++支持的查询长度长达59K。
下载与安装
- 下载 CUDASW++
- CUDASW++ 发行说明（安装、用户指南）
基准测试数据
CUDASW++能够利用多颗Tesla GPU，运行速度可达NCBI BLAST的10至50倍，最多可利用30颗GCUP来处理长度超过5000的查询。BLAST是一种探试性算法，而CUDASW++ 利用Smith-Waterman算法能够实现最佳的局部比对。
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论文与演示文稿
- Y. Liu, D. Maskell, B. Schmidt. CUDASW++: 利用CUDA GPU优化Smith-Waterman序列数据库研究[J]. 2009生物医学中心研究笔记杂志, 2:73.
- 更多关于利用GPU加速生物信息学应用程序的出版物。
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GPU解决方案
基于GPU的台式个人超级计算机或数据中心解决方案中可以部署 Tesla Bio Workbench软件。这些解决方案基于革命性的大规模并行CUDA架构，可加速计算科学的发展步伐。
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