NAMD on Tesla GPUs
美国伊利诺伊大学厄本那香槟分校的团队早在2007年就实现了NAMD的CUDA加速。 他们在国家计算机安全协会（NCSA）基于Tesla的Lincoln集群 上实施了扩展实验，结果表明，4颗Tesla GPU的性能优于16颗四核CPU的集群。
下载与安装
- 下载NAMD 2.7 beta 2二进制文件 (美国伊利诺伊大学香槟分校网站)
- 发布说明
基准测试数据
如图所示，在Tesla GPU集群上，NAMD扩展得非常好。
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| 数据来源：美国伊利诺伊大学厄本那香槟分校理论与计算生物物理学研究组 |
技术论文
美国伊利诺伊大学厄本那香槟分校网站刊登了数篇关于NAMD 和VMD实现GPU加速的论文。
如需了解CUDA加速分子动力学应用的更多信息，敬请访问 NVIDIA®（英伟达™）分子动力学页面。
演示文稿
- 克劳斯•斯图尔登（Klaus Schluten）团队关于VMD和NAMD上GPU加速的著作与演示
- SC09关于VMD和NAMD的讨论：利用GPU（图形处理器）计算加速分子模型应用 - John Stone，美国伊利诺伊大学厄本那香槟分校贝克曼高级科技研究院
- 2009年GPU技术大会关于VMD和NAMD的讨论: VMD中的GPU加速可视化与分析 - John Stone，美国伊利诺伊大学厄本那香槟分校贝克曼高级科技研究院
- 更多关于使用GPU加速分子动力学应用软件的著作
- 更多关于使用GPU加速量子化学应用软件的著作
论坛
采访 / 视频- NVIDIA®（英伟达™）nTersect SC09博客: 利用NVIDIA®（英伟达™）GPU（图形处理器）研究H1N1病毒
- SC08 采访James Phillip，美国伊利诺伊大学厄本那香槟分校贝克曼高级科技研究院
GPU解决方案
基于GPU的台式个人超级计算机或数据中心解决方案中可以部署 Tesla Bio Workbench软件。这些解决方案基于革命性的大规模并行CUDA架构，可加速计算科学的发展步伐。
推荐硬件配置
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