CUDA-MEME on Tesla GPUs
CUDA-MEME是一款基于MEME (version 3.5.4)改良更新型软件。它可利用基于CUDA架构NVIDIA®（英伟达™）Tesla GPU在大规模并行计算的性能为MEME进行加速。它可支持MEME中的OOPS 和ZOOPS模型。
下载与安装
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- 软件下载页面中包含安装说明和用户指南
基准测试数据
与在x86 CPU上运行MEME时相比，在一颗Tesla C1060 GPU上运行CUDA-MEME可实现23倍的速度提升。GPU取代CPU之后，计算时间从几小时大幅缩减至几分钟。下图数据是4组数据集的OOPS（每个序列出现一次）模型。
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论文与演示文稿
- Y. Liu, B. Schmidt, W. Liu, et al. CUDA-MEME利用CUDA图形处理器加速生物序列Motif识别[J]. 模式识别快报, 2009-10.
- C. Chen 等. GPU-MEME:利用图形硬件加速DNA序列的基序发现[C]. 计算机科学讲义. 2008,5265卷.
- 更多关于利用GPU加速生物信息学应用程序的出版物。
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GPU解决方案
基于GPU的台式个人超级计算机或数据中心解决方案中可以部署 Tesla Bio Workbench软件。这些解决方案基于革命性的大规模并行CUDA架构，可加速计算科学的发展步伐。
推荐硬件配置
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