GROMACS on Tesla GPUs
GROMACS是一个分子动力学软件包，主要用于蛋白质、脂肪以及核酸等具有复杂键合相互作用的生物化学分子模拟。目前在Beta版中，GROMACS已经向CUDA平台进行了移植，从而可实现GPU加速功能，这一版本还支持Particle-Mesh-Ewald（PME）、非键合相互作用的任意形式以及隐式溶剂Generalized Born等方式。
下载与安装
基准测试数据
GROMACS的CUDA版本目前支持单颗GPU（图形处理器），其成绩如下：
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| 数据来源： 斯德哥尔摩生物膜研究中心 |
技术论文
- M. S. Friedrichs, P. Eastman, V. Vaidyanathan, M. Houston, S. LeGrand, A. L. Beberg, D. L. Ensign, C. M. Bruns, V. S. Pande. “GPU加速分子动力学模拟.” J. Comp. Chem., 30(6):864-872. (2009)
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GPU解决方案
基于GPU的台式个人超级计算机或数据中心解决方案中可以部署 Tesla Bio Workbench软件。这些解决方案基于革命性的大规模并行CUDA架构，可加速计算科学的发展步伐。
推荐硬件配置
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