CUDA-EC on Tesla GPUs
CUDA-EC是一种针对短读（Short-Read）的高速并行序列纠错工具。它利用NVIDIA®（英伟达™）Tesla GPU的大规模并行CUDA架构，可纠正高通量短读（HTSR）数据中的排序错误并加速HTSR。纠错是诸多DNA片段组装（Fragment Assembly）工具的一个预处理步骤，对新型高通量排序计算机是非常有用的。
下载与安装
- 下载CUDA-EC
- 软件下载页面中包含安装说明和用户指南
基准测试数据
与在x86 CPU上运行Euler-SR时相比，在一颗Tesla C1060 GPU上运行CUDA-EC可实现20倍的速度提升。GPU取代CPU之后，计算时间从几分钟大幅缩减至几秒钟。下图数据分别是5种不同参照基因组的多种错误率1%、2%和3%，分别由A1、A2和A3等字样表示。
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论文与演示文稿
- H. Shi等.利用CUDA加速高通量短读DNA排序数据纠错[C]. 2009年高性能计算生物信息学会议（HiCOMB 2009）.
- H. Shi等. 基于CUDA的图形硬件高通量短读纠错的并行算法[J] .计算生物学杂志.
- 更多关于利用GPU加速生物信息学应用程序的出版物。
论坛
GPU解决方案
基于GPU的台式个人超级计算机或数据中心解决方案中可以部署 Tesla Bio Workbench软件。这些解决方案基于革命性的大规模并行CUDA架构，可加速计算科学的发展步伐。
推荐硬件配置
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