Tesla

CUDA-BLASTP on Tesla GPUs

 
 

CUDA-BLASTP利用NVIDIA®(英伟达™)Tesla GPU大规模并行CUDA架构,可提升NCBI BLAST的蛋白质序列数据库扫描速度。CUDA-BLASTP还具有一个实用程序,可以将FASTA格式数据库转换为可由CUDA-BLASTP读取的文件。

下载与安装

基准测试数据

与在Intel i7-920 CPU上运行NCBI BLAST (2.2.22)时相比,在搭载两颗Tesla C1060 GPU的工作站上运行CUDA-BLASTP可实现10倍的速度提升。GPU取代CPU之后,计算时间从几分钟大幅缩减至几秒钟。


在Tesla GPU上运行CUDA-BLASTP

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GPU解决方案

基于GPU的台式个人超级计算机或数据中心解决方案中可以部署 Tesla Bio Workbench软件。这些解决方案基于革命性的大规模并行CUDA架构,可加速计算科学的发展步伐。

推荐硬件配置

台式机工作站配置 数据中心配置
  • GPU
    • 4颗 Tesla C1060 计算GPU
  • • CPU和主存储器
    • 2.33 GHz x86 CPU
    • >8 GB (每颗 Tesla C1060 GPU均包含4 GB 主存储器)
  • 不适用(CUDA-BLASTP目前不支持MPI)

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